1. 細胞結構：古生菌與細菌的細胞結構有很大的區別，細菌細胞壁由肽聚糖構成，而古生菌的細胞壁中則沒有肽聚糖。古生菌和細菌的細胞膜化學成分也不同。

　　2. 生存環境：古生菌可以生存于極端環境下，如高溫、高壓、酸性、堿性、高鹽等極端條件，而細菌的生存環境相對比較溫和。

　　3. 基因組：古生菌的基因組與細菌的基因組也有很大的區別，古生菌的基因組相對較大，擁有許多的基因家族，而細菌的基因組相對較小。

　　4. 代謝途徑：古生菌和細菌的代謝途徑也不同，古生菌通過一些獨特的代謝途徑進行能量產生，如甲烷發酵、硫酸鹽還原等，而細菌則主要通過糖分解、氧化還原等代謝途徑產生能量。

　　古生菌和細菌在細胞結構、生存環境、基因組、代謝途徑等方面有很大的區別。