長期的腸道菌群失調可能會使身體出現不適，包括消化不良、便秘、腹瀉、腹痛、腸道炎癥等癥狀。

　　長期腸道菌群失調也可能導致免疫系統紊亂，增加患上自身免疫病的風險，如類風濕性關節炎、自身免疫性甲狀腺炎等。

　　另外一些研究也顯示，腸道菌群失調與心血管疾病、糖尿病等慢性疾病的發生和發展有一定關系。保持腸道菌群的平衡對于身體健康至關重要。