黃豆的黑臍是由于豆莢內的種子在成熟時，種皮中富含的一種物質叫做蕓苷（Genistin）與其他物質反應產生的。蕓苷在種子成熟期間會逐漸轉化為黑色的色素，從而形成了黃豆的黑臍。黑臍可以視為黃豆生長過程中的一種自然現象，與豆種的品種和生長環境有關，對于黃豆的品質和食用價值并沒有明顯影響。