洋蔥的紫色是由一種叫做花色素的化合物造成的。在洋蔥生長過程中，當土壤中的鋁、錳、銅、鈷等微量元素含量較高時，就會促使洋蔥中花色素的生成，從而使洋蔥變紫色。光照、氣溫、土壤pH值等環境因素也會影響洋蔥花色素的合成。一些洋蔥品種天生就是紫色的，這是由基因所決定的。