腸道內的細菌種類非常多，據科學家的研究，平均每個人的腸道中可寄生約1000種不同的細菌，其中大部分屬于 Firmicutes 和 Bacteroidetes 兩個主要類群，另外還有 Proteobacteria、Actinobacteria、Verrucomicrobia 等多個類群。不同人的腸道細菌組成也不完全相同，因為它受到環境、飲食、遺傳等多種因素的影響。人體腸道細菌的數量遠遠超過了人體細胞的數量，據估計每個人體內的細菌數量約為人體細胞數量的10倍。