潰瘍性結腸炎的病因至今仍不明雖有多種學說但目前還沒有肯定的結論細菌的原因已經排除病毒的原因也不象因為疾病不會傳染病毒顆粒也未能證實克隆病患者血清溶酶體升高潰瘍性結腸炎患者則為正常。

　　有認為潰瘍性結腸炎是一種自身免疫性疾病許多病人血中具有對正常結腸上皮與特異的腸細菌脂多糖抗原起交叉反應的抗體再者淋巴細胞經結腸炎病員的血清培養可變為對結腸上皮有細胞毒性此外在結腸炎病人的T和B淋巴細胞群中發現有改變但以后認識到這些異常并非疾病發生所必須而是疾病活動的結果事實上Brandtzueg等清除地證明并非潰瘍性結腸炎病人殘留腺體中組織水平免疫球蛋白活動有缺陷IgA運輸正常而IgG免疫細胞反應為對照病員的5倍因此有可能IgG在疾病的慢性過程中具有作用但與疾病發生則無關。

　　基因因素可能具有一定地位因為白人中猶太人為非猶太人的2～4倍而非白人比白人約少50%醉近Gilat等對特拉維也夫的猶太人的研究中報道潰瘍性結腸炎的發病率明顯降低為3.8/10萬而丹麥哥本哈根為7.3/10萬英國牛津7.3/10萬和美國明尼蘇達州7.2/10萬此外女性與男性比例也僅0.8而其他報道為1.3顯然地理上和種族上的差異影響本疾病的發生。

　　心理因素在疾病惡化中具有重要地位現在已明確潰瘍性結腸炎患者與配對對照病例相比并無異常的誘因再者原來存在的病態精神如抑郁或社會距離在結腸切除術后明顯改善。

　　總之目前認為炎性腸道疾病的發病是外源物質引起宿主反應基因和免疫影響三者相互作用的結果根據這一見解慢性潰瘍性結腸炎與克隆病是一個疾病過程的不同表現由于宿主對外源性物質的抗原發生過敏一旦腸的免疫啟動建立——或許這種啟動是建立在嬰兒期微生物克隆化時期——任何增加粘膜對這些抗原滲透性的傷害都可能誘發腸壁的炎癥性反應抗原的類型和其他一些因素決定著炎癥過程的性質即發生克隆病或潰瘍性結腸炎。

　　潰瘍性結腸炎是一個局限在結腸粘膜和粘膜下層的疾病這與結腸克隆病的腸壁內炎癥性變化有鮮明區別后者在肉芽腫樣炎性過程中腸壁各層均受累但潰瘍性結腸炎時所見的病理變化是非特異性的也可在細菌性痢疾阿米巴痢疾和淋菌性結腸炎中見到。